Pues esta es fácil pero como todo en Git nunca aparente. Va a pasar cuando haga cambios al Gemfile en dos ramas a la vez.

git checkout HEAD -- Gemfile.lock

Esto es para traerme el Gemfile.lock que había antes de obtener mi conflicto. Lo importante es que podemos confirmar con un git status que se preserva el Gemfile, así que los cambios en las versiones o librerías siguen ahí.

Si he metido o quitado una dependencia del Gemfile, ahora ejecuto bundle para que se descargue o se retire del lock por encima de la última versión que había en la rama en la que estoy intentando hacer el merge.

Si he actualizado la versión de una dependencia del Gemfile, ahora ejecuto bundle update para que se vuelva a reflejar ese cambio en el lock por encima de la última versión que había en la rama en la que estoy intentando hacer el merge.